Merana era abitata già nel Neolitico, popolata di Liguri Statielli e poi territorio romano dal 173 a.C. È citata in un documento del 1170 dell'Arcivescovo Gualdino e un disegno del 1727 nel Volume Cabreo raffigura il castello venduto poi dai Marchesi di Ponzone ai Del Carretto.

Merana subisce il passaggio delle armate Spagnole dirette a Milano e, con l'arrivo di Napoleone, vengono distrutti il castello e l'antica Chiesa.  

La statale Acqui Savona, costruita nel 1813, e la ferrovia favoriscono la nascita dell'attuale centro abitato con l'edificazione della nuova Chiesa nel 1941.

Alcune tracce archeologiche provano che il recente sito di Merana nuova era già abitato in epoca romana e venne abbandonato nel Medioevo per ragioni difensive.

Fu strettamente connessa alle vicende del feudo e marchesato di Spigno, pur possedendo anche una sua struttura autonoma: sono infatti citate le ville, il borgo e il castello a partire dal 1290, come attesta l’investitura genovese ai marchesi di Ponzone.

Verso il 1300 Alberto del Carretto compra dai marchesi di Ponzone 2/3 del mandamento di Spigno: fra le località interessate vi è Meirana (o Merana). Nel 1310 un atto dell’imperatore Enrico VII investe Corradino marchese di Ponzone della sesta parte del castello, città, territorio e giurisdizione di Spigno, Rocchetta e Merana.

Marco Antonio Asinari del Carretto prestò giuramento alla Camera Ducale di Milano in cambio dell’elevazione a marchesato del feudo imperiale di Spigno nel 1614. Guasco di Bisio, nel suo Dizionario feudale, sostiene che Marco Antonio, il 1 maggio 1614, ha devoluto il feudo alla Camera Ducale di Milano, in odio di Federico suo figlio, documentato da una relazione del magistrato in causa delle rappresaglie fa risalire il problema negli anni Venti del XVII secolo.

In quel periodo si svolse una guerra tra i feudatari piemontesi fedeli ai Savoia e il Ducato di Milano.

Nella presa di possesso, fatta da un funzionario della Camera Regale milanese nel 1671, in seguito alla morte del marchese Federico Asinari, con il territorio di Spigno sottoposto alla giurisdizione spagnola compare «Merana di fuochi 38, lontana da Alessandria 30 miglia e da Savona 18».

Dal 1693, Merana viene scissa dal marchesato di Spigno per ridurre l’imposizione fiscale sul

Marchesato: nello stesso anno viene creato un nucleo fiscalmente autonomo da Spigno.

Nel 1730 viene annessa alla provincia Sabauda di Acqui, mentre nel 1797 Merana è nel dipartimento del Tanaro e viene poi inserita nel nuovo dipartimento di Montenotte nel 1805. 

Dopo il dominio napoleonico viene riorganizzata la provincia di Acqui, poi soppressa nel 1880. Merana viene annessa alla Provincia di Alessandria e, durante il regime fascista, con  un significativo riordino delle autonomie locali per un capillare controllo del territorio da parte delle autorità centrali, il comune di Merana venne accorpato a quello di Spigno nel 1928, per poi essere ricostituito nel 1948.